Techniki 3D EM

Firma Thermo Fisher Scientific (dawniej FEI Company) oferuje różne rozwiązania umożliwiające realizacje obrazowania 3D zarówno w mikroskopach SEM, SEM/FIB, jak i TEM. W przypadku mikroskopii SEM wyróżniamy dwie techniki, oparte na ultrasekcjonowaniu preparatu: Serial Block Face Imaging (SBFI) i Array Tomography (AT). Kolumna jonowa umożliwia seryjne rozpylanie i obrazowanie próbki (SEM/FIB). Natomiast w mikroskopii TEM dostępna jest tomografia elektronowa (ET), technika SPA oraz mikrodyfrakcja (microED). Pełny proces obejmuje nie tylko akwizycję danych w mikroskopie, ale również ich rekonstrukcję oraz wizualizację w odpowiednim oprogramowaniu.

Celem doboru techniki, mikroskopu oraz oprogramowania prosimy o kontakt przez formularz kontaktowy. Służymy również dodatkowymi informacjami.

»Array Tomography »Serial Block Face Imaging »FIB/SEM »Tomografia elektronowa
»Technika SPA »microED »Wizualizacja 3D

Array Tomography i Serial Block Face Imaging

Techniki Array Tomography (AT) i Serial Block Face Imaging (SBFI) są realizowane z wykorzystaniem mikroskopu Apreo VS.

FIB/SEM

Do realizacji techniki seryjnego rozpylania i obrazowania FIB/SEM w zakresie próbek biologicznych zoptymalizowano mikroskop Scios 2.

Ta technika pozyskiwania informacji 3D wykorzystuje oprogramowanie Auto Slice and View (ASV). Oprogramowanie to można dołączyć do większości mikroskopów FIB/SEM jako upgrade.

Tomografia elektronowa

Tomografię elektronową można zrealizować we wszystkich mikroskopach TEM firmy Thermo Fisher Scientific. Możliwy jest również upgrade większości naszych starszych mikroskopów. Wymagane jest do tego oprogramowanie do akwizycji serii pochyłów oraz holder tomograficzny. Tomografię elektronową można stosować również w reżimie kriogeniczny, wtedy zalecany jest mikroskop z krio-boxem lub z autoloaderem. Ponadto, do preparatyki kriopróbek zoptymalizowano mikroskop Aquilos 2. Preparatyka krio-FIB daje znacznie większe prawdopodobieństwo sukcesu niż tradycyjny CEMOVIS.

Rozwiązanie firmy Thermo Fisher Scientific zawiera pełen pakiet o nazwie Explore3D, który obejmuje program Tomography 4 do akwizycji i do rekonstrukcji 3D. Akwizycja serii pochyłów w trybie TEM i/lub STEM odbywa się w pełni automatycznie. W przypadku TEM możliwa jest również akwizycja obrazów EFTEM, a w STEM map EDS rozkładu pierwiastków. Uzyskane dane są przetwarzane w programie Inspect3D, który centruje i wyrównuje obrazy 2D oraz przeprowadza rekonstrukcję 3D. Tomogram może być dalej wizualizowany, analizowany i przeliczany w programie Amira. Dostępna jest również specjalna wersja ze stacją roboczą o dużej mocy obliczeniowej, co znacznie skraca czas rekonstrukcji.

Technika SPA

Technikę Single Particle Analysis (SPA) można zrealizować we wszystkich mikroskopach TEM firmy Thermo Fisher Scientific. Można ją również zaimplementować w niektórych starszych mikroskopach.

Firma Thermo Fisher Scientific oferuje własne oprogramowanie do SPA, dopasowane do naszych mikroskopów, o nazwie EPU 2. Oprogramowanie to przeprowadza automatycznie niezbędne ustawienia mikroskopu, umożliwia automatyczną klasyfikację lodu, realizuje funkcję niskiej dawki oraz automatycznie rejestruje obrazy TEM.

Technika microED

Technikę mikrodyfrakcji (microED) można zrealizować we wszystkich mikroskopach TEM firmy Thermo Fisher Scientific. Można ją również zaimplementować w niektórych starszych mikroskopach.

Amira – wizualizacja danych 3D

Amira to rozbudowane oprogramowanie do wizualizacji, analizy i prezentacji danych 2D-5D, rozwijane przez Visualization Science Group należącą do Thermo Fisher Scientific. Dzięki modularnej architekturze jest to uniwersalne narzędzie do przetwarzania danych z mikrotomografii, tomografii elektronowej, rezonansu MRI, FIB i innych technik 3D. Amira umożliwia wizualizację wszystkich danych 3D, ale dodatkowe pakiety rozszerzające dotyczą głównie nauk biologicznych, medycznych i bioinżynierii. Do próbek właściwych innym naukom przeznaczone jest oprogramowanie Avizo. Dane przetwarzane są wydajnie, a wyniki prezentowane w efektowny i interaktywny sposób, również w postaci klipów i animacji. Amira nie tylko wizualizuje dane, ale również rekonstruuje obiekty oraz nimi manipuluje. Segmentacja obrazów otwiera drogę do analizy objętości, gęstości, kształtu i analiz numerycznych i statystycznych. Program składa się z zaawansowanego pakietu głównego oraz specjalistycznych modułów dodatkowych, które pozwalają dostosować program do wymagań i potrzeb użytkownika. Opcjonalne moduły mogą zostać zakupione niezależnie i być zainstalowane w terminie późniejszym.